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南京医科大学是首批教育部、国家卫生健康委与省政府共建医学院校和江苏高水平大学建设高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校现有一级学科博士学位授权点8个（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、医学技术、护理学）、二级学科博士学位授权点54个、3个交叉学科博士学位授权点（临床医学工程、人文医学、健康政策管理）；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；博士后科研流动站6个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、29个国家临床重点专科、6个江苏高校优势学科（三期）、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。
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