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广西医科大学是广西目前唯一的省部共建高等医学院校。学校设有18个二级学院、1个研究生管理学院、1个教学部，即：基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院、第二临床医学院、肿瘤医学院、口腔医学院、武鸣临床医学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、马克思主义学院、外国语学院、全科医学院、信息与管理学院、生命科学研究院、国际教育学院、高等职业技术学院、继续教育学院，研究生院，体育部。学校现有183个实践教学基地（含7个社区卫生服务中心及全科医学实践教学基地），10个校外研究生培养基地，1个医学人文技能培训基地，22个高等学历继续教育函授站（其中社会函授站7个，包括区外社会函授站2个），5所直属附属医院（第一附属医院、第二附属医院、附属肿瘤医院、附属口腔医院、附属武鸣医院），14所非直属附属医院：第三附属医院（南宁市第二人民医院）、第四附属医院（柳州市工人医院）、第五附属医院（南宁市第一人民医院）、第六附属医院（玉林市第一人民医院）、第七附属医院（梧州市工人医院）、第八附属医院（贵港市人民医院）、第九附属医院（北海市人民医院）等。
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